Model za 2004. nije prošao ni bez kozmetičkih promena, kao što su prednji i zadnji branik, a dizajnerski zahvati vidljivi su i na prednjim i zadnjim svetlima, kao i na završetku izduva. 2.0 motor takođe je promenjen i crvena zona je sa neverovatnih 9000 rpm vraćena na 8200 rpm. Honda je takođe predstavila 2.2 motor koji je bio namenjen za US tržište.

Model 2006 sa sobom je doneo "drive by wire" gas, kao i "Vehicle Stability Assist" sistem koji poboljšava ležanje u krivinama. Enterijer je takođe doživeo izmene sa promenama stereo sistema i sedišta. U međuvremenu je S2000 sa 2.2 motor počeo da se prodaje i u Japanu.

Dizajn

Honda je model S2000 zamislila kao rođendanski poklon sebi za 50 godina kompanije. Kao i svoji davni prethodnici S600 i S800, S2000 je zasnovan platformi predviđenoj za zadnju vuču. Snaga je raspoređivana pomoću Torsen šper diferencijala povezanog na šestostepeni manuelni menjač.

S2000 je konstruisan korišćenjem X-bone monokok okvira koji je ekstremno krut, što doprinosi upravljanju i boljem osećaju vožnje. Što se ostalih stvari tiče, S2000 ima dvostruka trouglasta ramena, elektronsku asistenciju upravljača i platneni krov koji se spušta za 6 sekundi, što predstavlja najbrži pokretni krov na svetu.

Motori

Prvi S2000 došao je sa 2.0 motorom koji je nosio oznaju F20C. To je bio redni motor sa četiri cilindra i maksimalno je pružao 240 hp pri 8300 rpm, a najveći obrtni moment iznosio je 208 NM pri 7500 rpm, uz napomenu da su japanski modeli imali 10 konja više, zbog nešto veće kompresije motora.

Zbog neverovatnog daleke crvene zone (čak 9000 rpm), motor u S2000 bio je jedan od retkih atmosferskih motora koji je pružao više od 100 hp po litru radne zapremine. Zbog toga što je motor bio mali i lagan, nije narušavao dobar raspored težina.

Za model za 2004. godinu Honda je razvila varijaciju F20C motora - F22C1, koji je, kako mu i ime kaže, imao zapreminu od 2.2 litara. Logično, postignuto je povećanje obrtnog momenta za 6%. Crvena zona vraćena je još malo, na 8000 rpm, što je takođe bilo očekivano, obzirom na promenu hoda klipova. Ono što je Honda sa ovim motorom želela da postigne, jeste povećanje obrtnog momenta pri nižim obrtajima, dok je snaga motora ostala ista. U početku je F22C1 bio predviđen za američko tržište, ali se S2000 sa ovim motorom našao i na tržištu Japana kada je predstavljen model za 2006. godinu. Zajedno sa promenom zapremine motora, Honda je odlučila i da malo izmeni i menjač, tako što su prve četiri brzine skraćene, a poslednje dve produžene.

Nagrade

• The S2000 was on Car and Driver's Ten Best list for 2000 through 2002 and 2004.
• F20C motor je osvojio "International Engine of the Year" (motor godine) nagradu u klasi 1.8 - 2.0l motora pet godina za redom: 2000-2004
• u istraživanju Top Geara 2004 i 2005 godine model S2000 je zauzeo prvo mesto
• The S2000 was the highest-ranked model in the J.D. Power 2004 Vehicle Dependability Study's "Premium Sports Car" klasa (ukljucujuci I modele iz 2001 godine) I konstantno zauzima jedno od prva tri mesta.